Se daba por hecho que la sede del Museo del Cómic estaría ubicada en L'Hospitalet de Llobregat (Barcelona), tal y como aseguró el conseller de Cultura de la Generalitat de Catalunya, Joan Manuel Tresserras, durante la inauguración del Salón del Manga 2008. "L'Hospitalet de Llobregat es la primera opción para acoger el Museo Nacional del Cómic", dijo durante una visita institucional al Centro Cultural Tecla Sala y la Biblioteca Centre de L'Hospitalet acompañado de la alcaldesa Núria Marín, aunque tardaría debido "a la coyuntura económica". Tresserras añadió entonces que "es importante que apuestas de país se hagan en ciudades como L'Hospitalet. El entorno metropolitano tiene que acoger enclaves culturales de referencia" y "además, L'Hospitalet es la segunda ciudad de Catalunya y en eso se tiene que notar".

    Pues bien, el caso es que el Museo del Cómic y la Ilustración finalmente se ubicará en el entorno metropolitano de Barcelona, pero justamente en la otra banda, en Badalona, concretamente en el edificio de la Compañía Auxiliar de Comercio y la Industria (CACE), en la fachada marítima.

    Las razones para haber elegido este edificio de estética modernista, que dispone de una superficie útil de más 4.000 metros cuadrados, por encima de L'Hospitalet de Llobregat, Sitges y Sant Feliu de Llobregat son que el lugar es el que mejor se adecua a las necesidades del proyecto, la buena comunicación en tren y en metro (estación Gorg de la línea 4 y futura línea 9) así como también el que vivan en Badalona ilustradores y dibujantes como Jaume Passarell, Tomàs Marco y Enric Sió, según la comisión de trabajo del Plan Director del Museo del Cómic y la Ilustración de Catalunya formada por el Departament de Cultura y Medis de Comunicació, FICOMIC, la asociación profesional de Ilustradores de Catalunya y coleccionistas y expertos del sector.

    El Museo nace, según el Departament de Cultura, con vocación de ser un centro de referencia internacional del cómic y la ilustración catalanes, desde el siglo XIX hasta hoy en día, y preservar, conservar y difundir su legado, a la vez que también tiene que convertirse en un espacio para los creadores y el sector.